Jakub sa ako mestská časť Banskej Bystrice spomína už v 13. storočí. Najstaršou stavbou, podľa ktorej je obec aj pomenovaná, je kostol sv. Jakuba. Gotický kostol tvorí centrálnu časť Jakuba, viditeľnú zo všetkých pozícií v doline a z priľahlých vrchov. Ešte za čias Rakúsko-Uhorska z neho premiestnili do maďarského Ostrihomu vzácny neskorogotický tabuľový oltár s výjavmi zo života sv. Jakuba. Dnes je v kostole replika pôvodného oltára, starobylosť stavby dosviedča okrem architektúry aj zvon z roku 1486, jeden z najstarších na Slovensku a renesančné stallum s maľovanou architektúrou a nemeckými nápismi z prelomu 16. a 17. storočia. V minulosti bol Jakub známy aj vyrezávaním religióznych krížov.
Pozemky na území dnešného Jakuba až do 16. storočia patrili tažiarskym podnikateľom, mimo iného aj Petrovi Karlovi, podľa ktorého je pomenovaná susedná mestská časť Karlovo, ale aj známej ťažiarskej spoločnosti Thurzo-Fugger, ktorá v 16. storočí nemala konkurenciu v celom Uhorsku. V roku 1546 prevzala správu nad väčšinou územia banská komora a zvyšok patril mestu. Komora tu vybudovala medený hámor, drôtovňu a valcovňu, ktoré spracúvali predovšetkým surovinu zo Španej doliny. V Jakube boli aj dve píly a kameňolom na lomový vápenec, dokonca aj vápenka.
Počas druhej svetovej vojny Jakub obsadili nemecké vojská, v lokalite prebiehali početné boje, v priebehu ktorých bol zničený železničný most týčiaci sa nad členitou krajinou, ktorý bol neskôr znova postavený. Jakub bol spod nemeckého velenia oslobodený 4. apríla 1945, na počesť viťazstva nad fašizmom sa každoročne organizuje vatra.
Jakub vystupoval až do roku 1960 ako samostatná obec, v súčasnosti je súčasťou Banskej Bystrice.